Dans ce superbe film de science-fiction, il existe deux catégories d’êtres vivants. Il y a les mutants et les humains, qui cohabitent sur la même planète. Les mutants sont divisés en deux groupes. Il y a ceux qui se rangent près du professeur et télépathe Charles Xavier (Patrick Stewart) et ceux qui vont vers Magnéto (Ian McKellen), un homme ayant un champ magnétique très développé et qui déteste les humains.
Le professeur Xavier dirige un institut pour mutants ayant des pouvoirs spéciaux. Les mutants de cet institut se nomment les X-Men et tentent de freiner les mauvaises actions de Magnéto. Alors que l’un des mutants se fait enlever par Magnéto pour générer plus de puissance à une machine machiavélique, les X-Men devront se battre pour arrêter ce plan diabolique.